Hal pertama yang ditekankan Santos pada masa awal pemerintahannya adalah menjajaki kemungkinan berdamai dengan para gerilyawan FARC.

Pada tahun 2008, sebuah peristiwa kontroversial mewarnai jejak Juan Manuel Santos sebagai Menteri Pertahanan Nasional Kolombia.

FARC adalah kelompok bersenjata yang militan, berhaluan komunis, yang sudah muncul pada tahun 1964 ini juga ingin mendirikan pemerintahan komunis.

Penetapan itu mengejutkan banyak pihak, sebab terbetik kabar panitia Nobel sempat gamang menyusul berita penolakan rakyat Kolombia terhadap kesepakatan damai.